镰仓幕府
禅宗在日本镰仓幕府时代以后的历史文化中占有重要的地位。
历代幕府将军皈依禅宗，将修禅作为武士道的思想支柱和武士生活的模本。禅寺迅速普及至日本全国，成为新文化的宣传中心。禅宗思想渗透至日本传统艺术的深层，使茶道、花道、能乐、连歌、枯山水庭院等焕发出自然美的内质，展现出独特的形态。
由庄、玄、禅可知，至于禅宗，它固然把自然界看空，然而禅者之悟却大量地与自然有关
在临济、沩仰、曹洞、云门、法眼这五个禅宗宗门中，临济宗在日本获得了最广泛、最深入的传播，它属于慧能的南禅一脉。禅宗哲学的高度为武士道提供了必要的精神营养，具体可以举出以下三个方面。
由庄、玄、禅可知，境界作为美学史的概念，应该在禅宗兴起之后的唐代才告成立，在此时期，禅宗分裂为南禅（慧能）、北禅（神秀）
首先，禅宗主张“不立文字、教外别传、直指人心、见性成佛”，甚至认为世间万物乃至佛本身也仅仅存在于心中，强调自我究明、自救。这种依靠自力而非求助于外界的观念，得到了武士集团的青睐。
由孤独不语禅可知，慧能说“世人终日口念般若，不识自性般若”，“知一切法，尽在自身中，何不从自心顿现真如本性”
其次，禅宗主张“身轻法重，死身弘法”，禅对生死的认识恰与武士崇尚“忠诚”、“勇武”、“无畏而死”的生死观吻合。禅宗讲究“死生一如”的根本目的在于让人们从生死之中解脱出来，那种“生也无所从来，就如着衿，死也无所从去，就如脱衿”的比喻，有利于武家君主向下级武士灌输忠君效劳、舍命取义、不计生死的武家训条。
由执着与寂静可知，什么都可以放下，生不带来死不带去，现象世界都不过是过眼烟云，这样就远离种种“颠倒梦想”而达到“究竟涅槃”的境界
再次，禅宗主张在日常生活中修持戒律，不断磨练自身，这与武士道要求武士具有铁的意志和对物欲、爱情的克制能力是一致的。另外，禅宗注重思想信仰，修行简易直接，无须经过累世修行即可顿悟成佛，这对于没有前世积累的武士来说是十分需要的。
由执着与寂静可知，针对贪、嗔、痴三毒，佛教提供了许许多多的方法，而综合起来讲就是戒、定、慧三学
因此，镰仓幕府的统治者心悦诚服地接受了禅宗，他们无不是禅的热心崇拜者。由此，迅速形成了“武士好禅”的局面。
茶禅一味
15、16世纪是日本民族文化的形成时期，茶道、花道、能乐、连歌、枯山水庭院等日本独特的艺术都在此期间孕育成熟，日本独特的崇尚简约、闲寂的审美意识也同时确立。
由执着与寂静可知，涅槃也是梵语的读音，它的意思就是寂静
由川端康成对现代茶道的警告可知，“和敬清寂”的茶道所尊重的“侘寂”，当然是指潜藏在心底的丰富情趣
村田珠光被推崇为日本茶道之祖，他做过包括买卖茶道具在内的生意并获得了成功，又因为精通唐物而扬名。他与名动一时的一休宗纯和尚有过密切的交往。一休死后，一休的弟子们合资为师父建塔，村田珠光为最大的出资者，由此可知他的经济实力。
由一休禅师，法名宗纯可知，村田珠光是站在一休这位精神领袖的肩膀上，同时又得到银阁将军足利义政的物质支持，在此两大基础上开创了茶道艺术的
武野绍鸥生活在室町幕府势力衰败、战国大名织田信长称霸日本的时代。位于中日贸易窗口的堺市，收藏了占日本全国总数的44％的精品唐物。绍鸥既是堺市的首富，也是最大的唐物收藏家、鉴赏唐物的名手。由于这一时期的唐物主要用于茶会，故绍鸥被当作日本茶道的中兴。
由千利休，茶道大宗师可知，绍鸥赶在珠光去世之年，出生在大阪附近的堺市。绍鸥在茶室、茶具、茶花上创造出了新的、绍鸥式的艺术风格。将珠光的茶道艺术与绍鸥的茶道艺术相结合的工作，落在了绍鸥的弟子千利休的肩上
千利休更是把茶会中的创新推向顶点。有一次，有人报告丰臣秀吉，说千利休家的院子里开满了牵牛花，好看极了，丰臣秀吉便示意千利休为他在某日的清晨举行一次茶会。那一天，丰臣秀吉兴致勃勃地走进千利休的院子，所有的牵牛花都被千利休剪掉了。丰臣秀吉不禁恼怒起来：“这不是捉弄我吗？”可是，当他来到茶室时，他发现一缕月光穿过茶室的天窗射在壁龛的花瓶上，一枝洁白的牵牛花含着露水展示着无限的生命力。
由川端康成对现代茶道的警告可知，要使人觉得一朵花比一百朵花更美
1591年，丰臣秀吉赐死了千利休，同时这也标志着具有完全独立意义的、重视唐物鉴赏过程中的行为艺术的茶人的诞生。
朱子学和阳明学
当日本历史进入了国家统一、社会稳定的江户幕府时代，日本儒学开始了全面的大发展，其主要代表是藤原惺窝的大弟子林罗山和由他创立的日本朱子学派，其最大特点是把朱子学中主要强调个人品性发展的理学部分，扩展到治理国家的社会规则。
由龙场悟道，陆王心学可知，朱熹的“格物穷理”并不仅仅局限于人伦道德，而是扩展到自然界的万事万物。虽然范围扩大了，但是其大纲还是人伦道德
为此，林罗山特别鼓吹程朱理学中的忠君报国等思想，并赞扬日本武士在战场上不顾生死、杀身成仁的举动，这实际上为日本武士道的形成奠定了基础。日本朱子学派强调所谓“大义名分”，主张社会中的各阶层应当安分守己，迎合了当时江户幕府创建士农工商的等级社会的意图，也因此成为了江户幕府时代的官方哲学。
在二战期间，神风特攻队利用日本人的武士道精神，对美国舰队等实施自杀式袭击。在一众遗书中，“玉碎”“报君”“尽忠”等字眼随处可见
1638年清军入关，1644年崇祯皇帝自尽。1658年，郑成功以厦门为根据地北上进攻南京，朱舜水作为其重要幕僚效力其中。不料郑成功北伐失败，朱舜水看到复明无望，又不甘心作清朝的子民，处于绝望与沮丧之中。1659年，朱舜水东渡长崎，决定久住不归。
由龙场悟道，陆王心学可知，朱舜水精通程朱理学，对阳明学也有所涉猎，他对德川光国及其所属的水户学派影响颇深
自明代中晚期开始，由于国内生产力的发展与资本主义生产关系的萌芽，以及市民阶层产生的反封建的倾向，中国儒学界产生了实学思潮。明亡之后，人们在总结明朝失败的教训的基础上，更加重视“崇实致用”、“经国济民”的思想。朱舜水在宣讲儒学时主张“为学当有实功，有实用”，他为日本带去了变化了的、重视实学的新儒学。
由龙场悟道，陆王心学可知，黄宗羲在思想上更倾向阳明学，但他对心学末流沉迷禅宗的行为提出了严厉批评。黄宗羲排斥空谈阔论，主张研读经史，强调学术思想要真诚，因此又被称为“清代史学之祖”
日本阳明学肇始于中江藤树，他由于不满林罗山在日本朱子学派中垄断学术的行为，转而另立门户，并将王阳明的致良知之说发扬光大，最终形成了自己的理论体系和学术派别。中江藤树转向阳明学，是因为阅读了王学左派（良知现成派）巨匠王龙溪的著作。王龙溪在传播致良知的过程中，渐失其本旨而流入于禅，由于禅宗、心学变为狂禅、末流，故二者在中国衰落。
由一休禅师，法名宗纯可知，狂僧一休的诗句说：“住庵十日意忙忙，脚下红丝线甚长。他日君来如问我，鱼行酒肆与淫坊。”
由日本人与阳明学可知，王学左派的思想是对王阳明的致良知之说的刨根问底，但同时也产生了极大的弊端。一些“家伙”狂言酒色才气不碍菩提路，并把这些惊世骇俗的举动看作是顺应良知的行为
不过，在江户幕府垄断朱子学的社会背景下，阳明学作为更加世俗与开放的学说，得到了新兴庶民阶级的欢迎。幕末的大盐中斋、吉田松阴、东泽泻、西乡隆盛，以及战后的三岛由纪夫都修习阳明学，最终都做出了不同寻常的举动。
在《银魂》（ぎんたま）中，天人使用阿姆斯特朗炮轰击日本，江户幕府投降
主角坂田银时和高杉晋助、桂小太郎在吉田松阳门下求学，之后他们参与了攘夷战争
大盐中斋在浪华发动叛乱；吉田松阴密谋讨伐幕府，结果被捕入狱，被处以斩刑；东泽泻在庆应年间发动勤王运动，最终被流放异域；西乡隆盛挑起西南之役。二战结束后，作家三岛由纪夫受忧国之情驱使，煽动自卫队队员发动兵变，失败之后剖腹自杀，他的这一举动震惊了全世界。
近代的中日交流
吉田松阴门下有许多杰出的弟子，比如久坂玄瑞、高杉晋作、桂小五郎、伊藤博文、山县有朋，他们是攘夷倒幕、明治维新的领导者。然而，吉田松阴的“皇国史观”，后来逐渐发展为日本军国主义思想。
在攘夷战争失败后，吉田松阳被处以斩刑
然而，吉田松阳的阴影——虚，成为了最终Boss
在荣格之危中，荣格认为，阴影表示“一种负性的自我人格”，它包含着“我们感到可怕的、懊悔的特质”
在荣格之机中，1933年，荣格背离了“道”，踏上了一条与纳粹德国有染的危险道路。不幸的是，荣格并没有意识到，他陷入了与德国故乡有关的阴影情节之中
“皇国史观”认为，日本天皇制国体高踞万国之上，“万世一系”的天皇治下的“神国”日本，应当统领世界。1894年，山县有朋作为元老发动、指挥甲午战争，任第一军司令官。1895年，伊藤博文逼迫李鸿章签订《马关条约》。
阿姆斯特朗炮给日本人留下了难以磨灭的记忆。此后，日本在明治维新后的第一次大战争——甲午战争中，给自己的军舰大批量装配了阿姆斯特朗炮族的最先进型号——阿姆斯特朗120mm速射炮（mk1），重创了当时的北洋水师
当时，李鸿章比日本更早意识到这种武器的可怕，便早早要求大规模装配。但由于清政府的腐败无能（这本质上是慈禧的个人错误），致使”克虏伯炮有药无弹，阿姆斯特朗有弹无药”
甲午战争战败之后，中国开始实行变革，以日本为媒介则是学习西方近代文明的最便捷途径之一。中国学生赴日留学的盛行，则将中国近代文坛和日本紧密地联系在了一起。
东京也无非是这样。上野的樱花烂熳的时节，望去确也像绯红的轻云，但花下也缺不了成群结队的“清国留学生”的速成班，头顶上盘着大辫子，顶得学生制帽的顶上高高耸起，形成一座富士山。也有解散辫子，盘得平的，除下帽来，油光可鉴，宛如小姑娘的发髻一般，还要将脖子扭几扭。实在标致极了。——《藤野先生》
这其中，最早的文学大家当属王国维。他于1901年赴日本东京留学，而在这之前他在上海的东文学社获得了两位日本老师藤田丰八、田冈岭云的指导。正是他在后者的文集中看到其所引用的康德、叔本华的哲学思想，给他日后的西方哲学研究打下了基础。
关于王国维，可参见从王国维说起
随后的周树人、周作人兄弟，则更是成为向国人介绍日本近代文学的中坚力量。1923年，他们完成的《现代日本小说集》中收录了十五位日本作家的三十篇短篇小说。周树人翻译的作品包括夏目漱石、森鸥外、芥川龙之介等日本近代文学几大家和白桦派的代表作家有岛武郎的小说，而周作人翻译的作品则多为白桦派作者如武者小路实笃、志贺直哉的作品。
我就往仙台的医学专门学校去。从东京出发，不久便到一处驿站，写道：日暮里。不知怎地，我到现在还记得这名目。其次却只记得水户了，这是明的遗民朱舜水先生客死的地方。——《藤野先生》
除了翻译，在日本留学多年的周氏兄弟在各自的创作上亦受到日本文学的影响。夏目漱石的《我是猫》中诙谐、讽刺的精神在鲁迅的小说如《阿Q正传》中有所体现，正如周作人所评价的：“鲁迅小说上虽看不出明白的痕迹，但总受他（夏目）的有些影响，这是鲁迅在生前也曾承认的。”
由鲁迅和周杰伦可知，鲁迅原名周树人，出生在绍兴。22岁公派留学日本，在仙台学医。26岁回来结了趟婚，又回日本开始重新学习文艺。29岁学成，归国就业
甲午战争以后，中日之间的双向性交流表现得更为突出。日本的西学家们也独立翻译了大量的西方著作，并在这个过程中创造了许多日语中的新词。而这些新词中，有很大一部分是用古代汉语中原有的词汇来翻译的，比如“经济”一词源于“经世济民”。
由中国文化和宗教可知，最初把Religion这个词翻译成“宗教”的是日本人，它源于“教下”、“宗门”
同时，张之洞、康有为、梁启超等人大力提倡向日本学习，中国掀起留学日本的热潮，仅1906年一年的留日人数达8000人以上。中国近代军政界重要人物、新文化的重要开创者大都是留日学生或赴日游学者，比如黄兴、周恩来、李大钊、陈独秀、鲁迅、郭沫若。
关于新文化运动，可参见东西文化及其哲学
虽然中日双方曾有过五场战争，即663年的白村江之战，1273-1281年的元朝征伐日本的战争，1592年-1597年的日本丰臣秀吉征伐朝鲜及明朝为保护国土而援朝的战争，1895年的甲午战争，1931-1945年的日本侵华战争；但是在战争期间，为文化交流而往来的人员交流仍在进行，这说明中日文化交流是中日两国社会发展的需要，是任何力量也阻挡不住的。